工程研究中心将充分借鉴已建燃烧动力学中心的成功经验，结合自身特点，制定并推行责权利统一、有利于人才流动和激励、能保证持续创新和不断提高科技水平的高效运行机制，逐步形成技术研发、工程化研究、成果推广辐射与产业化的良性循环体系，实现自我发展和不断壮大。经济方面，中心依托四川大学财务管理运行机制，相对独立核算。用人方面，中心具有充分的用人自主权。中心实行“开放、流动、竞争、协作”的运行机制。

（1）以合同聘用与岗位管理为核心的用人机制

建立以人员聘用制度、岗位管理与考核制度为核心的流动和竞争式用人机制，建立岗位培训和人员退出制度，形成研发人员按项目聘用、项目结束后退出机制，对进入中心的人员实行动态管理。

（2）以知识产权为纽带的利益分享机制

中心在承接上游需科技攻关以及工程化的开发任务以及向下游企业转让需工程化的成熟技术时，均通过知识产权为纽带，通过市场化方式运作，在合同中明确责权利关系，约定新形成知识产权的归属。

（3）以交流协作与行业服务为基本形式的开放机制

中心将联合国内同行、高等院校、科研院所以及工程单位，采用产学研用合作研究，并及时进行成果转化，提升整个行业的技术水平。积极开展多种形式的国内外行业交流与协作，每年邀请一定数量的国内外专家、研发人员到中心进行技术交流或开展短期研发工作，并聘请部分高水平专家担任中心顾问，为中心的发展献计献策。积极与国内外有关高校、科研院所、企业开展全方位合作，包括联合开展技术研发、接受委托代为研发相关技术或产品、接受技术咨询、承接工程设计项目、为行业良性发展制订规范和标准等。

（4）以持续发展为目标的运行保障机制

组建期间，依托单位为中心提供运行所必需的办公楼、实验室等基础设施，配套的仪器、设备、水、电、气等，并提供必要的行政保障和后勤支撑，确保中心的正常运行。中心积极申请各种类型的技术研发和成果转化类项目。